Портпаролот на рускиот истражен комитет изјави дека се разгледуваат неколку можни мотиви за убиството. Владимир Маркин рече дека инспекторите истражуваат неколку верзии за тоа кој би можел да стои зад убиството. Една од тие верзии е дека Немцов бил убиен ", како жртвено јагне" од оние кои сакаат да ја дестабилизираат Русија. Mаркин исто така рече дека инспекторите ја разгледувале можноста исламските екстремисти да го убиле Немцов, поради поддршка на рускиот опозициски лидер за проектот на француското списание Шарли Ебдо по нападот врз канцеларијата на списанието во Париз во почетокот на јануари. Mаркин , исто така, рече дека убиството може да биде поврзано со украинскиот конфликт.Не е никаква тајна дека меѓу двете страни во конфликтот има радикални луѓе кои немаат поврзаност со сите органи", рече Маркин. Тој додаде дека убиството може да е мотивирано и поради деловни активности на Немцов, лична омраза за некој проект на Немцов и други прашања поврзани со секојдневниот живот.
